Stützung des Abtes Wilhelm die Reform im Peterskloster ein. Aber erst sein Nachfolger Burchard begann den Bau der Kirche, den bereits Giselbert geplant und vorbereitet zu haben scheint. Die Gestaltung der Ostteile dieses Baues wird uns später zu beschäftigen haben. Wann der Planwechsel eintrat, ist nach den Quellen nicht auszumachen. Becker nimmt an, daß man an den Umbau ging, nachdem die Marienkapelle 1117 fertiggestellt worden war, da man nunmehr für die Übergangszeit eine Notkirche besaß. Er beruft sich bei dieser Argumentation auf die Vorgänge in Zwiefalten, wo während der Bauzeit des Münsters die gottesdienstlichen Handlungen urkundlich nachweisbar in der Marienkapelle stattfanden.
Die Hauptbauzeit fiel nach Becker in die Regierungsjahre des aus Hirsau berufenen Abtes Wernher. Der Grund für die Umgestaltung des Ostbaues ist seiner Ansicht nach in dem anwachsenden Konvent zu suchen, für den die zu geringen Ausmaße des ersten nicht genügend Platz boten. Der Ostbau ist dreischiffig angelegt. Dem der Vierung annähernd raumgleichen Presbyterium ist ein querrechteckiger, schmaler Raum vorgelegt, der der Breitausdehnung des Hauptschiffes entspricht. In ihm befand sich der Benediktaltar. Dieser Raum wird von zwei querrechteckigen Osttürmen flankiert, die etwas über die Flucht der Seitenschiffe und des Ostabschlusses des Benediktaltarraumes hinausragen und sich in ihrem untersten Geschoß gegen das Seitenschiff in voller Breite öffnen. Zwischen Benediktaltarraum und Turmuntergeschoß sind massive Mauern. Diese Mauern entsprechen den „trennenden Vorlagen“ in Hirsau und Schaffhausen. Sie gehen allerdings hier mit einem anderen Gedanken zusammen, dem der Osttürme. Dies begegnete uns bei den bisher besprochenen Bauten noch nicht. Die Turmuntergeschosse sind in ihrer Flächenausdehnung den Altarräumen in den Seitenschiffen in Hirsau nur um weniges überlegen und fast flächengleich denen des Hirsauer Mittelrisalites, sodaß wir hier in Erfurt auch nur von Altarstellen sprechen können und die Erfurter Lösung als die auf gleiche Ostflucht gebrachte Hirsauer Ostbauanlage angesprochen werden kann. Das Mittelrisalit ist gewissermaßen wieder hinausgeschoben worden. Daß im Benediktaltarraum nur ein Altar stand, ist durch die Quellen bezeugt. Auch in den Turmuntergeschossen stand jeweils ein Altar. Die Seitenschiffe öffnen sich in zwei Arkaden gegen das Presbyterium. Die Arkaden ruhen auf Pfeilern. Die Arkadenweite entspricht etwa der Ausdehnung der „trennenden Vorlagen“ (wie in Hirsau), ebenfalls aber auch der Arkadenweite im Langhaus. Die Arkadenhöhe ist gleich der der Langhaus-Arkaden. Zwei weitere Altäre befanden sich in den Ostapsiden des aus de? Vierung heraus entwickelten Querhauses, die halbrunden Schluß zeigen. Haupt- und Nebenschiff verhalten sich etwa 3:1, womit die geringe Breite der Seitenschiffe gekennzeichnet ist. Die Decken sind nicht mehr erhalten, lassen sich aber auf Grund von noch vorhandenen Ansätzen rekonstruieren. So hat Becker für die Turmuntergeschosse Kreuzgratgewölbe, für die Seitenschiffe aber Tonnenwölbung nach- weisen können. Dagegen ist das Presbyterium sicherlich flachgedeckt gewesen. Für den Benediktaltarraum ist die Deckenfrage nicht zu