Eine Wohltäterin beim Bau der neuen Kirche war Judith, die Witwe des Markgrafen Hermann von Baden (Sohn des in Hirsau beigesetzten Bertholds von Zähringen und Bruder Bischof Gebhards von Constanz). Hermann, der in asketischer Frömmigkeit lebte, trat 1073, seine Familie zurücklassend, ins Kloster Cluny ein, wo er Viehhirte wurde, aber schon ein Jahr hernach starb. Seine Witwe Judith lebte bis zum Jahr 1091 und war mit dem Kloster Hirsau innig verbunden.

Die Weihe seines Lieblingswerks, der Hirsauer PeterLkirche, durfte Abt Wilhelm noch erleben, aber schon wenige Wochen nachher sollte dieses arbeitsreiche Leben zu Ende gehen. Am Tage der Apostelfürsten Petrus und Paulus (29. Juni) befiel den Abt eine große Schwäche, doch mit äußerster Energie hielt er aus und leitete den Festgottesdienst. In der Marienkapelle des Aureliusklosters zelebrierte er seine letzte Messe. Mit besonderem Nachdruck soll er dabei die Worte des Apostels Paulus gesprochen haben: „Ich weiß, an welchen ich geglaubt habe und bin gewiß, daß er mir das Anvertraute bewahren kann, bis an jenen Tag." Bei zunehmender Schwäche ließ er sich zwei Tage darauf in den Kapitelsaal tragen, wo er dem versammelten Konvent seine letzte Ansprache hielt, in welcher er die Summe dessen, was er gelehrt, den Brüdern nochmals dringend ans Herz legte. Am Mittag des 5. Juli 1091 entschlummerte der Abt im Beisein seiner getreuen Brüder.

Unter tiefer Trauer der verwaisten Klostergemeinde wurde der Entschlafene in Gegenwart der Bischöfe von Constanz und Würzburg, sowie im Beisein von fünf Aebten, vieler Priester und einer großen Volksmenge in der Mitte der Peterskirche zur letzten Ruhe beigesetzt.

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