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1813 wurde die Ruine verkauft. Ein Hirsauer Maurer Kopp erwirbt die Scheune mit den Resten der Kirche um 610 Gulden, um in die „steinerne Scheuer" eine Wohnung einzubauen. Offenbar waren seine Mittel damit erschöpft und so verkaufte er die Scheune im März 1814 unverändert an die Saffianfabrikanten Zahn und Scholl um 718 Gulden. Sie dient nun weiter als Magazin, der beim Abbruch 1585 eingeführte Schutt und das Scheunenpflaster bleiben unberührt. 1835 wird das ehemalige Viehhaus beseitigt, an seiner Stelle erheben sich in der Folge Wohnhäuser.
1876/77 finden im Inneren der Kirche und im Chore Ausgrabungen unter Leitung des Daurats von Egle statt. Damit beginnt die Zeit der wissenschaftlichen Untersuchung. Am 15. Juni 1889 hat die Anlage nochmals unter der Überschwemmung des Tälesbachs zu leiden. Die Ausgrabungen von Egle werden durch Paulus und Pfarrer Klaiber im Frühjahr und Sommer 1892 wiederholt, das Innere der Kirche wird ausgeräumt, die ersten Spuren des ältesten Gebäudes kommen zutage. Im Chore wird nocheinmal in die Tiefe gegraben, wobei die Apsiden am Querschiff herauskommen. Endlich geht am 30. September 1892 die Kirche aus dem Privatbesitz der Familie Zahn in Staatsbesitz über. Die Untersuchungen am Chor werden 1925 durch die Architekten Mühl- bronner und Luithardt wieder ausgenommen. 1933 finden dann die ersten Schürfungen der letzten großen Ausgrabung, die bis Frühjahr 1936 dauert, statt; sie standen unter der Leitung des Württ. Landesamts für Denkmalpflege und wurden mit Mannschaften des Reichsarbeitsdienstes durchgeführt.